Recientes investigaciones parecen demostrar que el procesamiento fonológico es el proceso psicolingüístico más influyente en la dislexia, si atendemos a los procesos cognitivos implicados en el aprendizaje de la lectoescritura (Pugh y cols., 2001).

Aunque algunos investigadores contrarios a la teoría del déficit fonológico propuesta por Ramus,  la cual postula la dificultad de los disléxicos a la hora de representar y/o manipular los sonidos del lenguaje, defienden que el déficit fonológico y el trastorno lector serían consecuencia de leves defectos perceptivos en los sistemas visual y auditivo, (Tallal, Galaburda, Llinás, Von Euler, 1993).

A pesar de estas hipótesis la teoría del déficit fonológico ha adquirido gran relevancia en los últimos años, ya que se ha observado que una gran mayoría de disléxicos presentan dificultades específicas en tareas que requieren la representación y/o manipulación de fonemas, como por ejemplo en las rimas, en la segmentación silábica o en la lectura de pseudopalabras. (Temple , 2001; Ramus 2002).

Estos planteamientos han llevado a pensar que el correcto aprendizaje de la lectura precisa que el alumno haya desarrollado previamente una adecuada conciencia fonológica, la cual pasaría por diversos niveles de complejidad, cada vez más abstractos, desde el conocimiento analógico, (rimas), al silábico, después intrasilábico, posteriormente fonético y en el último nivel fonémico, este último imprescindible para el aprendizaje de la lectura alfabética, ya que la conciencia fonémica permite la recodificación de palabras no familiares para ampliar el léxico, (Jorm y Share 1983), así como la toma de conciencia de los fonemas y la habilidad para manipularlos, (Etchepareborda y Habib (2001).

Según Morais, Alegría y Content, (1987), la conciencia fonológica comenzaría a desarrollarse a partir de los 3 años y antes de los 7, aunque el conocimiento fonológico a nivel de fonemas sólo se adquiere mediante el aprendizaje de la lectura y la escritura y no de manera espontánea.
Esto defiende la importancia de intervenir directamente sobre la conciencia fonológica de los niños/as en riesgo de dislexia durante los años prelectores y en el inicio del aprendizaje de la lectoescritura.

Además de situar el déficit fonológico como principal causa de la dislexia, también existen otros procesos cognitivos que intervienen en el proceso lector y que explicarían la variabilidad de la dislexia, como por ejemplo la percepción visual y auditiva, los movimientos oculares, el reconocimiento auditivo, la memoria de trabajo, la expresión oral, la velocidad de procesamiento, etc. (Etchepareborda y Habib, 2001; Artigas, 2000).